Os critérios e procedimentos para preenchimento e entrega de Mapas de Bordo são regulamentados pela Instrução Normativa Interministerial Nº 26, de 19 de Julho de 2005.

A utilização dos Mapas de Bordo é obrigatória para as embarcações nacionais e estrangeiras arrendadas que operam nas seguintes modalidades de pesca: Espilhel de superfície (atuns, espadarte), Espinhel de fundo (peixes diversos), Rede de cerco (bonito listrado, sardinha, anchoíta e outros), Rede de emalhar de fundo (peixe sapo), Rede de emalhar de superfície (cações), Armadilhas (pargo, lagosta, polvo e caranguejo), Espinhel vertical N/NE (pargo), Espinhel vertical SE/SUL (cherne e batata), Arrasto (piramutaba), Arrasto para captura de peixes dermersais diversos (peixes de profundidade), Arrasto para captura de camarões (camarões profundidade, camarão Norte, camarão Nordeste e camarão Sudeste/ Sul), Iscador automático (lula), Vara e isca viva (bonito-listrado).

Segundo a IN 26/2005, os Mapas de Bordo devem ser preenchidos de forma legível e precisa, pelo comandante da embarcação, durante as operações de pesca, imediatamente após cada lance de captura. Devem ser entregues por ocasião do desembarque ou até sete dias depois, ao coletor credenciado pelo IBAMA ou SEAP, que emite um Comprovante de Entrega de Mapas de Bordo referente a cada viagem de pesca.

Os dados e informações sobre as operações de pesca anotados nos Mapas de Bordo de cada viagem de pesca são de caráter confidencial, e com fins exclusivos de monitoramento e pesquisa.